輪狀病毒（RV）在生產系統中很常見，很容易污染分娩和育兒系統，而新的菌株可能會導致臨床問題。與大多數RNA病毒一樣，它通常對許多消毒劑具有抗性，康復的豬通常仍是無癥狀的攜帶者。

Burrough解釋說，輪狀病毒被分為10個基因組（A到J），其中A到C在美國豬中普遍檢測到。每個基因型都有許多血清型。

Burrough說：“輪狀病毒組之間或組內幾乎沒有交叉保護，而且有許多基因型和血清型。在斷奶豬中出現單一病毒病例是不常見的。隨著時間的推移，豬經常排放多種輪狀病毒。”

Burrough說，診斷應該通過臨床癥狀和組織學，以及特定的實驗室檢測，包括對A、B和C組的聚合酶鏈反應（PCR）。他補充說，當存在多種輪狀病毒時，直接檢測分析（免疫組化/原位雜交）是一種更好的方法，以確定哪種病毒引起了所觀察到的疾病，但這些分析并非通常適用于所有基因組，并強調尋找變異病毒片段的重要性。

“PCR 后測序可以確定預期的血清型，”他說。“緩解措施在與預期的田間病毒相匹配時最為有效。將檢測到的序列與商品疫苗株、自家產品和返飼病料的序列進行比較，有助于確定相關性。”

Burrough說，大腸桿菌通常從提交給大學獸醫診斷實驗室的診斷病料中分離出來，致病菌株和非致病菌株都很常見。

“致病性大腸桿菌菌株通常在血瓊脂上溶血，但單獨的溶血并不表示具有致病性。換句話說，溶血具有很高的診斷敏感性，但特異性較差，”他說。“肉眼病變是一個重要的證據。大腸桿菌定植沿小腸的長度發生在一些菌株中，但在其他菌株中可能是節段性的。”

他補充說：“我想通過微生物培養來確認小腸內的純培養菌。”致病性溶血菌株通常具有光滑或光滑/黏液菌落表型。

“基因分型提供了對潛在致病性的確認，并且在無法用顯微鏡觀察到細菌但仍然是一個臨床問題的情況下非常有用。有了基因分型，你就不需要每一項證據—你只需要（對你的臨床診斷）有足夠的信心。”

Burrough說，從糞便中分離出強β-溶血性短螺旋體（B. hyodysenteriae, B. hampsoniiandsuanatina），傳統上被用來檢測豬痢疾（SD）的病原體。

豬痢疾是一種經濟上重要的疾病，最常在生長肥育豬中觀察到，特別是在斷奶和飼料變化等應激反應后，它可以從母豬場垂直傳播，因為感染的母豬往往是不明顯的帶菌者，也可水平傳播。豬痢疾疫苗在美國還沒有上市。

臨床癥狀包括帶有粘液和血液的嚴重腹瀉，當強烈的β溶血性短螺旋體屬（Brachyspira spp）時，可確認豬痢疾診斷。Burrough 解釋說，它是通過培養分離的，或者通過 PCR 對痢疾糞便進行 PCR 檢測到豬痢疾的已知病因。

“曾經是短螺旋體屬。被檢測到，確認物種形成很重要，”他說。“培養提供了溶血表型；遺傳（PCR）、生化和/或基于蛋白質的檢測的組合對于確定性鑒定很有用。”

Burroughs說，最好的做法是防止引進，但在感染的情況下，大多數人寧愿治療而不是減群。

他說：“MIC檢測（定義為抑制可見生長的最低濃度抗生素）通常可以幫助做出治療決策。”

“使用培養和PCR的結合來提高診斷的敏感性和特異性。在運輸過程中冷藏樣本，并從發病或可能有應激的豬身上采樣。”