飼料組成是影響球蟲病和壞死性腸炎發生的主要因素之一，對壞死性腸炎的影響尤其顯著。以禾本科類谷物如小麥、燕麥等為基礎日糧可增加這兩種疾病發生的風險，這主要是這類飼料經胃消化后所形成的食糜與玉米為主要基礎日糧的飼料相比，粘稠度顯著增高，食糜在腸道滯留時間延長并改變腸道pH環境，顯著增加球蟲入侵和梭菌粘附、產毒素的幾率，對壞死性腸炎發生的影響尤其顯著。

流行病學調查和實驗研究都表明，當以小麥替代玉米后，壞死性腸炎發生率增加30~60%。飼料中粗蛋白的來源對壞死性腸炎和球蟲病的發生也有影響，動物源粗蛋白如魚粉、肉骨粉、羽毛粉等為主要粗蛋白的飼料更有利于壞死性腸炎的發生，乃因為動物性蛋白中甘氨酸和蛋氨酸含量較高，而這兩者是產氣莢膜梭菌生長的促進因子，此外，高動物性蛋白含量會升高肌胃的pH值，更有利于梭菌的生長繁殖。

相似地，動物性脂肪也會增加回腸中產氣莢膜梭菌的數量，會增加壞死性腸炎發生的風險。小麥和動物源粗蛋白中較高含量的鋅也是壞死性腸炎發生重要預置因素。此外，飼料中任何能導致腸道pH值升高的因素都會增加壞死性腸炎和球蟲病發生的風險。

飼料中存在的抗營養因子、真菌毒素及飼料顆粒等因素也會顯著影響雞球蟲病和壞死性腸炎的發生和流行。

如小麥和大豆等原料中存在的植物凝集素類、菜籽餅等中的丹寧類及植物源性的含氮的糖硫酸鹽類（菜籽餅中含量較高）、生物堿類、萜類、多酚類等，不僅可與飼料蛋白質作用而影響粗蛋白的消化吸收，且可直接作用于腸道粘膜組織導致腸絨毛損傷，并改變腸道細菌的生長、腸道菌群組成和促進產氣莢膜梭菌增殖，并可抑制免疫功能，可促進壞死性腸炎和球蟲病的發生。真菌毒素作為一類自由基誘生劑在直接損傷腸粘膜結構的同時，對免疫功能產生強烈的抑制作用，有助于球蟲病和壞死性腸炎的發生。

飼料添加劑對球蟲病和壞死性腸炎的發生具有更直接、更顯著的影響。抗球蟲藥物和抗菌藥物類飼料添加劑的應用是預防控制球蟲病和壞死性腸炎的主要手段，多數抗球蟲藥物尤其是離子載體類抗球蟲藥如莫能霉素、鹽霉素、甲基鹽霉素、馬杜霉素等對產氣莢膜梭菌也有較好的抑制作用，因此即使只使用這些抗球蟲藥物添加劑也可在一定程度上控制壞死性腸炎的發生。

而抗生素類飼料添加劑也可因控制腸道細菌的生長、降低細菌對腸道粘膜的損傷對球蟲病的預防有間接作用。添加飼用酶制劑如β-糖苷酶、木聚糖酶、植酸酶等通過加強對飼料中某些成分的降解消化、更快地產生多肽、寡糖等降低食糜粘稠度，有益于維持腸粘膜上皮的完整性，減少梭菌的粘附定植和球蟲的入侵，降低壞死性腸炎和球蟲病的發生風險。

在飼料或飲水中添加酸化劑或有機酸可一定程度地抑制腸道中產氣莢膜梭菌的生長繁殖，具有高解離常數的有機酸可減低腸道pH值而促進非致病菌的生長，那些低解離常數的有機酸則直接被細菌吸收，抑制細菌的生化代謝而阻斷細菌增殖。

由于乳糖在雞腸道難以吸收，可以較高濃度直接進入盲腸，促進乳酸菌生長并抑制或排斥產氣莢膜梭菌的生長。因此在飼料或飲水中適量添加少量乳糖（2~10%，隨飼料添加、飲水添加或直接灌注的給予方式不同而不同）可有助于壞死性腸炎的控制。

任何引起或增加雞群應激的因素都有可能影響球蟲病和壞死性腸炎的發生，即使是飼料的有序變換也會有顯著影響，如從雛雞料變換成中雞料的過程，即能加劇壞死性腸炎的發生風險。

這主要是因為飼料變換可改變腸道粘膜上皮組織的結構和完整性。高密度飼養可能是飼養管理上最危險的風險因素。高密度飼養不僅可直接加劇墊料濕度，增加墊料和雞舍環境中的球蟲卵囊和產氣莢膜梭菌芽孢數量，加劇接觸傳播和氣溶膠傳播；墊料濕度的加大，也在一定程度上更有利于梭菌增殖和球蟲卵囊的孢子化發育。高纖維型墊料則通過加劇雞腸道的磨損、引發局部炎癥而有利于球蟲入侵和梭菌的定植，促進這兩種疾病的發生。

雞群的免疫狀態對球蟲病和壞死性腸炎的發生幾乎有決定性影響，任何免疫抑制性疾病的存在如馬立克氏病、法氏囊病、白血病、雞傳染性貧血、霉菌毒素中毒等都會加重球蟲病和壞死性腸炎的發病率、死亡率。

臨床調查和實驗研究表明以傳染性法氏囊病病毒強毒接種14日齡雛雞后以107cfu產氣莢膜梭菌，一日2次連續3天攻擊雛雞，結果100%雛雞發生壞死性腸炎，死亡率也達到87.6%，腸道病變計分由僅攻擊梭菌者的1分升高至3.5分以上，而單獨攻菌的對照組發病率和死亡率分別僅只有13.6%和19.8%。

相似地，以中等毒力的法氏囊病疫苗接種14日齡雛雞，同時一日2次口服接種107cfu的產氣莢膜梭菌連續3天，于17日齡時出現典型的壞死性腸炎病變，病變計分由單獨攻菌者的0.6~1分升高至1.5~2分。可見免疫抑制對壞死性腸炎的巨大影響。相似地，許多實驗研究數據也證明免疫抑制對球蟲病的影響。